既に多要素認証を実装していると、PowerShellコマンドでクライアントからoffice365への接続が出来ません。しかし下記の準備をすることで多要素認証が可能です。
Exchange管理センターの管理者権限をもっているアカウントが「多要素認証」を有効にしている。
アプリは「Authenticator」Microsoftより
セキュリティ強化の為、多要素認証を有効にして実装していると思わぬ落とし穴が存在。即時この対応が出来なかった為別ユーザーに「office365」の管理者権限を付与して回避しています。今後は、この設定を多要素認証をしているアカウントにて設定をして運用していきたいと思います。